<p>Met de ontdekking van de stad Atlantis in de Pegasus-galaxie, leidt Dr. Elizabeth Weir een wetenschappelijke expeditie samen met Major Sheppard. Zodra ze aankomen, ontdekken ze dat ze niet meer in contact kunnen komen met de aarde en dat ze zijn omringd door de dodelijke vijanden van de Oude, de Wraith.</p><p>De Atlantis Team, met nieuwe lokale bondgenoten zoals Teyla Emmagan, gaat op avontuur om de geheimen van hun nieuwe thuis te ontrafelen, terwijl ze tegelijkertijd een strijd om overleving tegen de Wraith aangaan.</p>
