<p>In het jaar 2035 is de aarde bijna volledig verwoest door een dodelijk virus. James Cole, een gevangene, wordt geselecteerd om terug in de tijd te reizen naar de jaren '90 om te ontdekken waar het virus vandaan komt. Echter, door een fout wordt hij naar 1990 gestuurd in plaats van 1996, waar hij wordt opgesloten in een psychiatrisch ziekenhuis.</p><p>Daar ontmoet hij Dr. Kathryn Railly, een psychiater, en de zoon van een beroemde virusexpert. Samen proberen ze de waarheid te ontrafelen over de mysterieuze 'Army of the 12 Monkeys', die mogelijk verantwoordelijk is voor de uitbraak van de ziekte.</p>