<p>In Amen. volgt het verhaal Kurt Gerstein, een lid van het Instituut voor Hygiëne van de Waffen-SS, die geschokt is om te ontdekken dat een door hem ontdekte gifgas wordt gebruikt om Joden te doden. Gedreven door zijn geweten probeert Gerstein de wereld te waarschuwen.</p><p>Hij werkt samen met de jonge jezuïet Riccardo Fontana, maar hun pogingen om de waarheid aan het licht te brengen worden genegeerd door de autoriteiten, waaronder het Vaticaan. De film, die zich afspeelt in de Tweede Wereldoorlog, onderzoekt thema's van morele verantwoordelijkheid en de rol van religie in tijden van crisis.</p>